Paquet ratlas
Documentation du paquet ratlas
ratlas
est un paquet R permettant l’accès et l’analyse des données de biodiversité aggrégée par le réseau d’observation de la biodiversité du Québec.
Ce paquet R expose les services RESTFull
de l’API de Atlas. Atlas est un système d’information sur la biodiversité du Québec développé par le laboratoire d’Écologie Intégrative de l’Université de Sherbrooke.
La documentation complète du package est disponible ici.
Pour débuter avec le package ratlas
nous vous recommendons l’article pour débuter par le tutoriel pour le téléchargement d’observations.
Installer le paquet ratlas
::install_github("BiodiversiteQuebec/ratlas") devtools
S’authentifier auprès de l’API
Un jeton d’accès vous sera mis à disposition par l’équipe de développeur de Atlas. Veuillez les contacter pour en obtenir un de manière sécurisée.
Il est fortement recommandé de mettre en cache votre jeton d’accès (jeton d’accès stocké dans un fichier rds
) afin de s’assurer qu’il ne soit pas visible ou transmis avec votre code à un autre utilisateur. Ce jeton d’accès est unique et révocable.
Pour cela, il vous suffit simplement d’enregistrer le jeton d’accès directement en tant que Environment variable
Stratégie 1: Mise en cache dans les variables d’environnement de R
file.edit("~/.Renviron")
Cette ligne va ouvrir un ficher text dans votre Rstudio. Rajoutez dans ce ficher un linge comme la suivante:
# utilizez votre propre token ici
=7f8df438e1be96a18436e9dab5d97d68ed0e0441d9b68f59e0ce631b2919f3aa ATLAS_API_TOKEN
Le jeton d’accès est un exemple ici et n’est aucunement valide.
Stratégie 2: Environnement au niveau OS / runtime
Vous pouvez également passer votre jeton d’accès en créant une variable d’environnement nommée ATLAS_API_TOKEN
au niveau de l’OS ou de l’environnement de dévelopement.
Troubleshooting
Erreur curl_fetch_memory 0A00010B:SSL
Erreur possible lors de la récupération (GET) de données via une machine Linux (ici Ubuntu). L’erreur provient du package curl. Un correctif est disponible depuis la version 7.87.0 du package qui elle est disponible depuis la version 23.02 de Ubuntu.